深圳市太空科技南方研究院基于深圳市人民政府與中國航天員科研訓練中心簽訂的《戰略合作框架協議》而設立。其宗旨是依靠政府的支持、資助，搭建國家級的創新平臺；拓展國際合作，整合創新資源；依托機制創新，推進載人航天技術成果產業化應用。

研究院的舉辦者為太空科技南方中心和深圳太空科技有限公司，定位為主要利用非國有資產、舉辦者自愿舉辦、從事非營利性社會服務活動的社會組織。主要開展載人航天相關技術的研究開發、成果轉化、科普教育和國際合作等業務，側重于應用研究和民用轉化研究，航天員中心作為我國載人航天工程重要科研機構，通過40多年的科研創新和技術積累，在相關領域特別是生命保障與健康醫學等方面具有極好的應用轉化空間。研究院將成為航天員中心除北京本部之外開展應用技術科研、科技成果轉化、科普教育及國際合作的唯一綜合性平臺。